Основные направления фундаментальных исследований Фонда Марджани.
I. Источниковедение и историография истории Ислама.
Перевод и изучение классических арабо-мусульманских исторических сочинений, имеющих в то же время религиозное значение; изучение эволюции представлений мусульман об окружающем мире и своем месте в нем (образ истории, ментальные карты и их соотношение с географической традицией).
II. Классическое богословское и религиозно-философское наследие ислама.
Изучение мусульманской доксографии, истории религиозных разногласий, дискуссий по вопросам догматики и права; изучение суфийской мысли и философской полемики в средневековой мусульманской культуре; изучение эволюции исламской богословско-правовой мысли, методологии фикха, иджтихада и т.д.
III. Ислам в России: традиции и современность.
Изучение и перевод памятников исламской религиозной литературы мусульман России XIX – начала XX в.; изучение мусульманской историографии Поволжья и Северо-Восточного Кавказа как источника по формированию социокультурной идентичности и политического самосознания мусульманских народов страны; исследование процесса институциализации ислама в Российской империи, Советском Союзе и постсоветской России; анализ материалов отечественных архивов по истории и современному положению ислама и мусульман в России.
IV. Эволюция исламской политической и социальной мысли.
Теоретические исследования по проблемам взаимосвязи религиозного и политического в Исламе; перевод и изучение основных источников по теории политики и практике отправления власти в мусульманском обществе; анализ эволюции социально-исторических представлений мусульман в свете политических и религиозно-политических дискуссий в исламском мире.
V. Актуальные проблемы исламского мира.
Исследование политических и социокультурных проблем модернизации традиционных мусульманских обществ Ближнего и Среднего Востока; изучение феномена современного «исламского возрождения» и «политического ислама»; изучение специфики исламского радикализма и исламофобии как социально-политической проблемы, изучение аспектов исламской экономики и шариатского судопроизводства в современном мире.
VI. Традиционные институты ислама в современном мире.
Изучение проблем адаптации традиционных религиозных и социальных институтов мусульманских обществ (суфийские братства, сельские и квартальные общины, мечетные общины) в современном мире, организация полевых исследований (этнологические, археографические экспедиции, экспертные и неформализованные интервью, количественные и качественные социологические исследования).