Одним из важнейших направлений деятельности Фонда Марджани является осуществление самостоятельных и межмузейных экспозиционных проектов, связанных с искусством мусульманских регионов. За последние несколько лет партнерами Фонда Марджани по выставкам стали: ГМИИ им. А.С. Пушкина, Государственный музей Востока, Государственный музей современной истории России, Центральный дом Художника, Музей-заповедник "Казанский Кремль", выставочный центр "Эрмитаж-Казань", Музей изобразительный искусств Республики Татарстан. Выставки, организованные Фондом, проходили также в музеях Санкт-Петербурга, Елабуги, Ижевска, Набережных Челнов, Астаны и других городов.

"Татарский шамаиль: слово и образ. Искусство каллиграфии" (24 апреля - 21 июня 2009 года, Государственный музей Востока)

"Новый ковчег". Хамид Совкуев. Живопись, графика, скульптура. (7 июля - 6 сентября 2009 года, Государственный музей Востока)

"Туркестанский аванград" (5 февраля - 15 апреля 2012 года, Государственный музей Востока)

"Утренняя молитва" Азама Атаханова (10 декабря 2010 - 21 января 2011 года Государственный музей Востока, 25 февраля - 25 марта 2011 года Национальная художественная галерея "Хазинэ", Казань)

"Лев Снегирев. Живопись, графика" (5 марта - 18 апреля 2011 года, Государственный музея Востока)

"Скрытое и явленное. Гейют Юнус. Живопись, графика" (23 апреля - 20 июня 2011 года, Государственный музей Востока)

"Василь Ханнанов. Вспомните меня, и вспомню я Вас. Живопись, графика" (4 августа - 4 сентября 2011 года Государственный музей Востока, 30 января - 15 марта 2015 года Национальная художественная галерея "Хазинэ", Казань)

"КАЛАНДАР" (19 июля - 26 августа 2012 года Госудаственный музей Востока, 2 - 30 октября 2012 года театр "Школа драматического искусства")

"Классическое искусство исламского мира IX - XIX вв. Девяносто девять имен Всевышнего" (20 февраля - 5 мая 2013 года Государственный музей изобразительных искусств им. А.С. Пушкина, Отдел личных коллекций, 29 августа - 9 ноября 2014 года выставочный центр "Эрмитаж-Казань")

"Плакат Советского Востока. 1918-1940" (6 сентября - 6 октября 2013 года Музей современной истории России, 17 января - 14 февраля 2014 года Российский центр науки и культуры, Ташкент, 5 марта - 28 апреля 2015 года центр современной культуры СМЕНА, Казань)

Выставка работ Тогрула Нариманбекова, памяти выдающегося художника (14 ноября - 15 декабря 2013 года, Всероссийская государственная библиотека иностранной литературы им. М. Рудомино)

"Кожаная мозаика. Театр, живопись Наили Кумысниковой" (21 ноября - 15 декабря 2013 выставочный зал Манеж, Казань)

"В поисках истины. Расим Бабаев. Живопись, графика" (23 октября - 13 ноября 2013 года Государственный музей Востока, 15 апреля - 5 мая 2014 выставочный центр "Эрмитаж-Казань", 29 октября - 26 ноября 2014 Государственный Русский музей, Санкт-Петербург)

"Валерий Сахатов. Блики на ковре" (22 февраля - 10 марта 2014 года Государственный музей Востока, 15 - 26 апреля 2015 года Галерея ЗДЕСЬ на Таганке)

ART DUBAI 2014 (19 - 22 марта 2014 года, ОАЭ)

"Короли и пешки: настольные игры от Индии до Испании" (29 апреля - 21 июня 2014 года, музей Исламской культуры, Доха)

"ХАЙТАРМА. Искусство крымских татар" (5 - 29 июня 2014 года, Государственный музей Востока)

"Мечети Крыма: к 700-летию мечети Узбека" (20 июня 2014 года Бахчисарай, 22 октября 2014 года ВГБИЛ им. М. Рудомино)

"Известный и неизвестный Чингиз Ахмаров" (7 - 31 августа 2014 года, Национальная художественная галерея "Хазинэ", Казань)

"Александр Акилов. Живопись" (9 - 21 декабря 2014, Центральный дом художника)

"Ташкентский альбом 1910 - 1970" (1 мая - 12 июня 2015 года, МВЦ "Рабочий и колхозница")

"Образ Востока в русском искусстве первой половины ХХ века" (25 июня - 1 октября 2015 года Башкирский государственный художественный музей им. М.В. Нестерова)